一般的先天性心脏病中仅有少数类型的先天性心脏病是可以自然恢复的，而有的则随着年龄的增大，并发症会渐渐增多，病情也会逐渐加重。所以，先天性心脏病应该积极地去治疗，至于选择何种治疗方法以及手术时机，这主要取决于先天性心脏畸形的范围及程度。
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1、手术治疗先心病一般是无法自行愈合的，均需通过手术或者介入的方法进行根治。其中，对于缺损口径小于0.5cm的室缺或房缺，则可以不治疗，因其不会对患儿的心脏功能及生长发育产生不良的影响。然而，由于孩子存在心脏杂音，对将来的升学、就业、婚姻有一定影响，而现在的手术又非常成熟，基于这些社会因素，有些家长还是会选择手术。还有一些小的缺损，例如干下部位的室缺，由于靠近主动脉瓣，就算是小于0.5cm，也是需要积极手术治疗的。对于缺损口径大于0.5cm的患儿则建议行手术治疗。
2、介入治疗介入治疗主要用于先天性心脏病房间隔缺损、动脉导管未闭、肺动脉瓣狭窄、体动脉至肺动脉瘘和室间隔缺损等的矫治性治疗。对于一些暂时无法手术或是已丧失手术矫治时机的先天性心脏病，经此方法治疗后，可较好地等待手术矫治或是改善临床症状、延缓病情进展；此外还有一些手术矫治不彻底或不完全的先天性心脏病也可采用此方法进行补救性治疗。如室间隔缺损、房间隔缺损手术后残余漏、心脏瓣膜置换术后瓣周漏等，均可采用介入治疗加以补救。
3、微创治疗心脏外科手术治疗先天性心脏病的最传统、最彻底、最经典方法是采取胸骨正中切口方式。此种先天性心脏病治疗手术由于从胸骨正中作切口，将心脏全部暴露在视野内，几乎适合所有的先天性心脏病类型。但是，这种先天性心脏病治疗方法的缺点是手术中失血较多，且术后胸部会留下一条较长的疤痕，不仅影响美观，对术后病人的心理创伤也比较大。简单的先天性心脏病病人，如动脉导管未闭、房间隔缺损、室间隔缺损和肺动脉瓣狭窄的病人，可以采用胸腔镜辅助小切口房缺修补术、经胸微创房缺/室缺封堵术等先天性心脏病微创手术，达到减少创伤、美容、节约费用等好处。
无分流类或者左到右分流类，若及时通过手术，则效果良好，预后较佳。右至左分流或复合畸形者、病情较重者，手术复杂困难，部分患者由于某些心脏结构发育不完善而无法完全矫正，只能行姑息性手术减轻症状来改善生活质量。
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